В сентябре 1962 г. в институт поступило письмо от заместителя начальника Управления научно-исследовательских учреждений Е. Меркулова с «Положением об аспирантуре при высших учебных заведениях и научно-исследовательских учреждениях», а затем приказ Министерства образования СССР от 5 февраля 1963 г. № 50 «О единых формах документов по подготовке научных и научно-педагогических кадров». А в апреле 1964 г. институту был установлен план приема в аспирантуру с отрывом от производства – 3 человека.
Всего с 1963 г. аспирантскую подготовку прошли более 600 человек. Сегодня в аспирантуре ВНИИЗЖ готовят научных сотрудников по специальностям: «вирусология», «инфекционные болезни и иммунология животных». Особое внимание уделяется практике.
Сейчас в аспирантуре ФГБУ «ВНИИЗЖ» обучаются 34 человека. После защиты молодые ученые продолжат исследовательскую работу по выбранному направлению.