Мониторингом занимаются эксперты подведомственного службе Федерального центра охраны здоровья животных (ФГБУ «ВНИИЗЖ») и территориального управления Россельхознадзора.
Для мониторинга ветеринарной безопасности производится отлов разных видов рыбы для проведения исследований.
По результатам исследований эксперты оценивают безопасность самих водоемов и выловленной в них рыбы.